Νήσοι Γαύδος και Γαυδοπούλα, GR4340013 (ΕΖΔ)

Αμβρακικός κόλπος, Δέλτα Λούρου και Άραχθου (Πέτρα, Μύτικας, ευρύτερη περιοχή, Κάτω ρους Άραχθου, Κάμποι Φιλιππιάδας), GR2110001 (ΕΖΔ)

Νησίδες Σταμφάνη και Αρπυΐα (Στροφάδες) και Θαλάσσια Ζώνη, GR2210004 (ΖΕΠ)

Νήσος Πολύαιγος-Κίμωλος, GR4220006 (ΕΖΔ)

Νήσος Γυάρος και θαλάσσια ζώνη, GR4220033 (ΕΖΔ/ΖΕΠ)

Βραχονήσια Νοτίου Αιγαίου: Βελοπούλα, Φαλκονέρα, Ανάνες, Χριστιάνα, Παχειά, Φτενό, Μακρά, Αστακιδονήσια, Σύρνα, γύρω νησιά και θαλάσσια ζώνη, GR4210011 (ΕΖΔ) / Νησίδες Καρπάθιου πελάγους: Μεγάλο Σοφράνο, Σοχάς, Μικρό Σοφράνο, Αυγό, Διβούνια, Χαμηλή, Αστακιδονήσια, GR4210023 (ΖΕΠ)

Χερσόνησος Ροδωπού, Παραλία Μάλεμε-Κόλπος Χανίων, GR4340003 (ΕΖΔ)

Κόλπος Λαγανά Ζακύνθου (Ακρωτήριο Γεράκι-Κερί) και νησίδες Μαραθονήσι και Πελούζο, GR2210002 (ΕΖΔ)

Θαλάσσια περιοχή Δυτικής και Νοτιοδυτικής Κρήτης, GR4340024 (ΕΖΔ)

Ανατολικό τμήμα Αστυπάλαιας και νησίδες Κουνούπι, Φτενό, Χονδρόπουλο, Κουτσομύτης, Μόνη, Αγία Κυριακή, Τηγάνι, Χονδρή, Λιγνό, Φωκιονήσια, Κατσαγρέλι, Ποντικούσα, Φιδούσα, Κτένια και θαλάσσια περιοχή, GR4210021 (ΖΕΠ)

Δυτικά Αστερούσια (από Αγιοφάραγγο έως Κόκκινο Πύργο), GR4310004 (ΕΖΔ)

Θαλάσσια Περιοχή Θράκης, GR1110013 (ΕΖΔ)

Θαλάσσιο Πάρκο Αλονήσου, Βορείων Σποράδων και Ανατολικής Σκοπέλου, GR1430004 (ΕΖΔ/ΖΕΠ) / Νησιά Κυρά Παναγιά, Πιπέρι, Ψαθούρα και γύρω νησίδες Άγιος Γεώργιος, Αδελφοί, Λεχούσα, Γαϊδουρονήσια, GR1430005 (ΖΕΠ)

Θαλάσσια Ζώνη από Αργοστόλι έως Όρμο Μούντα, GR2220007 (ΕΖΔ)

Δέλτα Αχελώου, Λιμνοθάλασσα Μεσολογγίου-Αιτωλικού, Εκβολές Ευήνου, Νήσοι Εχινάδες, Νήσος Πεταλάς, GR2310001 (ΕΖΔ)

Κορινθιακός Κόλπος, GR2530007 (ΕΖΔ)

Περιοχή Νεάπολης και Ελαφόνησος, GR2540002 (ΕΖΔ) / Εκβολές Ευρώτα, περιοχή Βρονταμά και θαλάσσια περιοχή Λακωνικού Κόλπου, GR2540003 (ΕΖΔ)

Βράχος του Ερημίτη (Scoglio dell’ eremita), IT9120012 (ΖΕΠ)

Ανατολικό τμήμα νήσου Σύμης και νησίδες Κούλουνδρος, Σέσκλι, Τρουμπέτο, Μαρμαράς, Καραβαλονήσι, Μεγαλονήσι, Γιαλεσίνο, Οχιά, Χονδρός, Πλατύ, Νίμος και θαλάσσια περιοχή Σύμης, GR4210025 (ΖΕΠ)

Νήσος Αντικύθηρα και νησίδες Πρασονήσι, Λαγουβάρδος, Πλακουλήθρα και Θυμωνιές, GR3000012 (ΖΕΠ)

Νησίδες Σκύρου και θαλάσσια περιοχή, GR2420009 (ΖΕΠ)

Πρασσανό φαράγγι, Πατσός, ρέμα Σφακόρυακο, παραλία Ρεθύμνου και εκβολή Γεροπόταμου, Ακρωτήριο Λιανός Κάβος-Περιβόλια, GR4330004 (ΕΖΔ)

Θαλάσσια περιοχή Νότιου Ευβοϊκού Κόλπου, GR2420016 (ΖΕΠ)

Θαλάσσια περιοχή Νότιας Μεσσηνίας, GR2550010 (ΕΖΔ)

Μικρές Κυκλάδες, βορειοανατολική Αμοργός, ανατολικές ακτές Δονούσας, γύρω νησίδες και θαλάσσια περιοχή, GR4220021 (ΖΕΠ) 

Βορειοανατολικό άκρο Κρήτης: Διονυσάδες, Ελάσα και Χερσόνησος Σίδερο (Άκρα Μαύρο Μουρί, Βάι και Άκρα Πλάκα) και θαλάσσια ζώνη, GR4320006 (ΕΖΔ) / Διονυσάδες νήσοι και θαλάσσια ζώνη, GR4320011 (ΖΕΠ) 

Θαλάσσια περιοχή Κυθήρων, GR3000019 (ΖΕΠ)

Κάσος και Κασονήσια και ευρύτερη θαλάσσια περιοχή, GR4210001 (ΕΖΔ) / Νήσος Κάσος και σύμπλεγμα Κασονησίων και ευρύτερη θαλάσσια περιοχή, GR4210028 (ΖΕΠ)

Βόρεια Κάρπαθος και Σαρία και παράκτια θαλάσσια περιοχή, GR4210003 (ΕΖΔ/ΖΕΠ)

Θαλάσσια περιοχή Καβάλας-Θάσου, GR1150014 (ΕΖΔ/ΖΕΠ)

Εσωτερικό Αρχιπέλαγος Ιονίου (Μεγανήσι, Αρκούδι, Άτοκος, Βρομώνας), GR2220003 (ΕΖΔ)

Νήσοι Παξοί και Αντίπαξοι και ευρύτερη θαλάσσια περιοχή, GR2230004 (ΕΖΔ)

Διαπόντια Νησιά (Οθωνοί, Ερεικούσα, Μαθράκι και βραχονησίδες),  GR2230008 (ΖΕΠ)

Θίνες και παραλιακό δάσος Ζαχάρως, Λίμνη Καϊάφα, Στροφυλιά, Κακόβατος, GR2330005 (ΕΖΔ) / Θαλάσσια περιοχή Κόλπου Κυπαρισσίας: Ακρωτήριο Κατάκολο-Κυπαρισσία, GR2330008 (ΕΖΔ) / Θίνες Κυπαρισσίας (Νεοχώρι-Κυπαρισσία), GR2550005 (ΕΖΔ)

Νησίδες Μυκόνου: Ρήνεια, Χταπόδια, Τραγονήσι και θαλάσσια περιοχή, GR4220027 (ΖΕΠ)

Νήσος Τρέμιτι, IT9110040 (ΕΖΔ)

Ακτή Καλλίπολης και νησί Αγίου Ανδρέα, IT9150015 (ΖΕΠ)